Гуманитарные исследования в системе академических учреждений Сибири велись задолго до создания Сибирского отделения Российской академии наук. В Новосибирском научном центре, формировавшимся с конца 1950-х гг. особенно остро ощущалась потребность в создании гуманитарного учреждения. В поддержке и пополнении специалистами гуманитарного профиля нуждались не только многочисленные образовательные учреждения, но и Сибирское отделение в целях изучения истории и культуры Сибири и координации научных исследований в Сибирском регионе, а также в подготовке молодых ученых. В связи с назревшими вопросами в 1959 г. была создана Постоянная комиссия по общественным наукам при Президиуме СО АН СССР (далее – Комиссия) во главе с д.филос.н. И.И. Матвеенковым и штатным секретарем к.и.н. В.Л.Соскиным. За сравнительно короткий срок Комиссия реализовала ряд важных мероприятий. Было налажено взаимодействие с гуманитарными научными центрами Якутии и Бурятии, а также с сибирскими вузами, архивами и музеями. В 1959 г. Комиссия поставила вопрос о создании в системе Сибирского отделения АН СССР института по общественным наукам и приглашении крупных ученых из Москвы и Санкт-Петербурга (Ленинграда). Предложение было поддержано академиками – Е.М. Жуковым, Б.А.Рыбаковым, М.Н. Тихомировым, В.В. Виноградовым, а также бюро Отделения истории АН СССР и Министерством высшего и среднего специального образования СССР. Вопрос о создании ведущего гуманитарного института в Сибирском отделении был поручен Президиуму СО АН.

В марте 1960 г. Комиссия организовала первую Всесибирскую конференцию историков, которая сыграла важную роль в создании института. В конференции приняли участие видные ученые-сибиреведы из ведущих научных учреждений страны, а также руководители СО АН СССР – М.А. Лаврентьев, С.А. Христианович. Среди них был доктор исторических наук Алексей Павлович Окладников, директор будущего института. На конференции было принято решение о подготовке масштабного многотомного проекта – «Истории Сибири». 

В марте 1961 г. в Институте экономики и организации промышленного производства СО АН СССР (ИЭиОПП СО АН) был создан сектор истории промышленности. Это была первая штатная гуманитарная ячейка в Сибирском научном центре, которой было поручено заняться реализацией проекта по изданию многотомной «Истории Сибири». Под руководством А.П. Окладников сектор приступил к работе. Первыми сотрудниками сектора были  М.М. Громыко, Г.А. Докучаев, В.Л. Соскин, А.Н. Копылов, Е.А. Куклина, Г.И. Пронина.

В процессе работы была разработана структура издания «Истории Сибири», созданы проспекты томов, утверждены составы редколлегий томов, а также авторских коллективов. В подготовке проекта приняли участие ведущие ученые археологи, филологи, этнографы. Однако основная научная и научно-техническая работа по разработке издания, поиску, отбору материалов возлагалась на историков, сотрудников сектора. Штат сектора быстро пополнялся новыми сотрудниками. В 1962 г. коллектив гуманитариев насчитывал 33 сотрудника, в числе которых два доктора и 12 кандидатов наук. Одновременно с созданием сектора формировалась база для подготовки квалифицированных научных кадров. В 1962 г. в Новосибирском государственном университете открылся гуманитарный факультет. Его организатором и первым деканом стал чл.-к. АН СССР (с 1964 г.) В.А. Аврорин. На базе института и гуманитарного факультета НГУ сформировался единый научно-учебный комплекс, обеспечивший непрерывное развитие актуальных исследований.

В этом же 1962 г. сектор был переименован в Отдел гуманитарных исследований в составе ИЭиОПП СО АН. Комиссия была расформирована, ее полномочия переданы созданному Объединенному ученому совету по историко-филологическим наукам. За годы существования Отдела гуманитарных исследований сформировались основные научные направления исследований и квалифицированный кадровый состав – основа будущего института. Важным событием в создании института было избрание в июне 1964 г. Алексея Павловича Окладникова членом-корреспондентом РАН. 

В марте 1965 г. Президиум СО АН СССР определил численность будущего института (в 120 человек) и его структуру из трех отделов: истории, филологии и философии. Институту поручалась координация работы всех научных учреждений и вузов Сибири по гуманитарным исследованиям. В составе отдела истории в 1965 г. были сформированы четыре подразделения, в том числе сектор истории дооктябрьского периода (заведующий сектором с 12 февраля 1968 – по 24 марта 1969 гг. – М.М. Громыко, с 25.12.1969 г. – Л.М. Горюшкин) и сектор истории советского общества (заведующий сектором с 02.12.1968 – по 02.12.1971 гг. – Г.А. Докучаев). В отдел также входили сектор археологии и этнографии и музей истории и культуры народов Сибири (в последствие вошедшие в состав института археологии и этнографии СО РАН).

В 1965 г. по предложению академика М.Н. Тихомирова в Новосибирском научном центре стали проводиться археографические исследования и первые археографические экспедиции по Сибири, в которых принимали участие сотрудники сектора истории дооктябрьского периода H.H. Покpовский и Е.К. Ромодановская. Позднее в 1969 г. было создано Сибирское отделение Археографической комиссии АН СССР.

23 декабря 1966 г. Президиум СО АН СССР постановил организовать на базе Отдела гуманитарных исследований Институт истории, филологии и философии СО АН СССР (ИИФиФ). Возглавил институт чл.-к. АН СССР А.П. Окладников. Среди сотрудников-историков в нем работали Б.Л. Борисов, О.Н. Вилков, Л.М. Горюшкин, М.М. Громыко, Н.Я. Гущин, А.П. Деревянко, Г.А. Докучаев, И.И. Комогорцев, А.Н. Копылов, В.Е. Ларичев, А.С. Московский, В.С. Познанский, Н.Н. Покровский, Л.Н. Приходько, Р.С. Русаков, Л.М. Русакова, В.Л. Соскин и др.  

В структуре ИИФиФ были учреждены три отдела: истории (руководитель – чл.-к. АН СССР А.П. Окладников), филологии (руководитель – чл.-к. АН СССР В.А. Аврорин) и философии (руководитель – чл.-к. АН СССР (с 1970 г.) Г.А. Свечников), ставшие основой будущих самостоятельных институтов. 

В 1968 г. был организован сектор памятников истории и культуры народов Сибири (заведующие сектором с 25.12.1968 – по 01.08.1970 – Т.А. Агапова, с 01.08.1970 – по 19.01.1981 гг. – А.С. Московский). 

В результате успешной работы и важных научных достижений археографических экспедиций, получивших высокую оценку Сибирского отделения АН СССР, российских и зарубежных ученых, в 1970 г. на базе сектора истории дооктябрьского периода ИИФиФ организована археографическая группа под руководством Н.Н. Покровского. В июне 1975 г. группа преобразована в сектор археографии (заведующий сектором с июня 1975 – по декабрь 1983 гг. – Н.Н. Покровский).  

В конце 1960-х годов удалось завершить крупный научно-исследовательский проект – многотомную историю Сибири, вокруг которого сложился широкий круг высокопрофессиональных специалистов – более 160 авторов. За пять лет работы были подготовлены к печати пять томов издания объемом около 230 п.л., которые вышли в свет в 1968 – 1969 гг. В 1973 г. издание отмечено государственной премией СССР. 

Интенсивная работа над многотомной «Историей Сибири» способствовала быстрому росту научных кадров института, повышению их квалификации и формированию не только крупных ученых в коллективе (среди них В.В. Алексеев, О.Н. Вилков, Л.М. Горюшкин, М.М. Громыко, Н.Я. Гущин, И.И. Комогорцев, А.Н. Копылов, А.С. Московский, В.С. Познанский, Н.Н. Покровский и др.), но и самостоятельных научных школ. 

Наличие большой группы высококвалифицированных специалистов позволило сформировать в начале 1970-х гг. новую структуру Института в виде укрупненных отделов и секторов, профилированных по хронологическим периодам и по отраслевому принципу. Немаловажную роль в создании коллективов сыграли перспективные планы научных исследований. После завершения работы над «Историей Сибири» началась интенсивная работа над новыми проектами, посвященными истории крестьянства, истории промышленности и рабочего класса, истории социального и культурного развития Сибири.

В 1970 г. в соответствии с поставленными научно-исследовательскими задачами были созданы следующие сектора:

• сектор историко-архитектурного музея под открытым небом (заведующий сектором с 01.11.1970 – по 01.06.1977 гг. – О.Н. Вилков).  В 1975 г. в состав сектора вошла тематическая группа под руководством А.Н. Копылова
• сектор истории крестьянства и сельского хозяйства (заведующий сектором с 28.04.1970 – 11.04.1995 гг. Н.Я. Гущин)
• сектор общих проблем истории советского общества и рабочего класса (заведующий сектором – с 14.09.1970 – по 08.04.1974 гг. – Г.А. Докучаев, с 12.05.1975 – по февраль 1988 гг. – В.В. Алексеев).
• сектор истории промышленности, с 1975 г. сектор переименован в сектор истории рабочего класса периода развитого социализма (заведующий сектором с 19.10.1970 – по май 1989 гг. – И.И. Комогорцев)
• сектор истории культурного строительства (заведующий сектором с 19.10.1970 – по 11.04.1995 гг. – В.Л. Соскин)

На основании распоряжения Президиума СО АН СССР от 18.08.1971 г. и решения Ученого совета от 27.09.1971 г. на базе созданных секторов в декабре 1971 г. было образовано два отдела: 

1. Отдел истории дооктябрьского периода (заведующий отделом с 12.12.1971 – 1.11.1986 гг. – академик А.П. Окладников, с 1.11.1986 – январь 1998 гг. Л.М.Горюшкин). В его состав вошли:

• сектор дооктябрьского периода (с 1987 г. – сектор истории капитализма) под руководством Л.М. Горюшкина;
• сектор историко-архитектурного музея под открытым небом под руководством О.Н. Вилкова;
• сектор археологии и этнографии под руководством ак. А.П.Окладникова;
• музей истории культуры народов Сибири с фотолабораторией под руководством А.П. Деревянко;
• сектор истории и археологии стран Зарубежного Востока под руководством В.Е. Ларичева;
• лаборатория полевых исследований под руководством Р.С. Василевского.

2. Отдел истории советского общества (заведующий отделом с 2 декабря 1971 – по 12.01.1982 гг. – А.С. Московский, с 12.01.1982 – по февраль 1988 гг. – В.В. Алексеев, с 1989 – 1998 гг. – В.И.Шишкин). В его состав вошли следующие сектора:   

• сектор общих проблем истории советского общества и рабочего класса под руководством Г.А. Докучаева;
• сектор истории крестьянства и сельского хозяйства под руководством Н.Я. Гущина;
• сектор истории культурного строительства под руководством В.Л. Соскина;
• сектор истории промышленности под руководством И.И. Комогорцева;
• сектор памятников истории и культуры народов Сибири под руководством А.С. Московского.

Создание укрупненных отделов было обосновано не только упорядочиванием структуры института, но и в целях разработки крупных фундаментальных исследований в области истории. В июне 1977 г. сектор историко-архитектурного музея под открытым небом был реорганизован на два структурных подразделения – сектор истории феодализма (заведующий сектором с 01.06.1977 – 15.12.1983 гг. – О.Н. Вилков) и лабораторию историко-архитектурного комплекса (зав. лабораторией В.С. Касаткин). Таким образом, в период 1970-х гг. структура института находилась в процессе становления, характеризовалась подвижностью и динамичностью, отзывалась на актуальные запросы, соответствовала современным задачам исторической науки, формируя новые подразделения для научных исследований, в том числе на базе имеющихся секторов и была в целом востребована практикой социального управления.  

В 1980-е гг. структура и организация научных исследований института продолжали совершенствоваться в ключе новых перспективных научных тенденций и современных событий. В 1983 г. институт возглавил ученик А.П. Окладникова – чл.-к. АН СССР Анатолий Пантелеевич Деревянко (с 1987 г. – академик). Под его руководством историки института активно участвовали в разработке и реализации целевых научно-исследовательских программ «Сибирь» и «Исторический опыт освоения Сибири». Разрабатывая тематические блоки этих программ, защитили докторские диссертации С.С. Букин, М.М. Ефимкин, В.А. Ламин, И.М. Савицкий, В.И. Шишкин. 

Накопленный опыт проведения комплексных гуманитарных исследований способствовал успеху на Урале «научного десанта» из Сибири – был создан Институт истории и археологии УрО РАН во главе с д.и.н., академиком (с 1997 г.) В.В. Алексеевым. 

В декабре 1983 г. на базе имеющихся подразделений – сектора истории феодализма и сектора археографии был создан сектор истории периода феодализма, археографии и источниковедения (заведующий сектором с декабря с 1983 – по 1989 гг. – Н.Н. Покровский), а также создан сектор источниковедения и историографии Сибири советского периода (заведующим сектором с 15.12.1983 – по 04.05.1989 гг. А.С. Московский). Обновлен состав сектора памятников истории и культуры Сибири, который возглавил О.Н. Вилков (заведующий сектором с 15.12.1983 г. – по 04.05.1989 г.).

В первой половине 1980-х гг. была завершена работа над фундаментальным изданием – четырех томной «Историей рабочего класса». Продолжалась работа над еще одним фундаментальным изданием – пяти томной «Историей крестьянства Сибири». Исследования включали широкий спектр проблем истории социально-экономического развития Сибири, которые впервые были освещены в отечественной историографии.  Обсуждение дискуссионных вопросов проводилось на научных конференциях и совещаниях. Результаты этих дискуссий находили свое отражение в сборниках статей и монографиях сотрудников института. В 1987 г. сектор истории рабочего класса периода развитого социализма был переименован в сектор истории рабочего класса и индустриального освоения. В 1989 г. сектор был преобразован в связи с реструктуризацией, в тематическую группу, которая проработала до 1997 г., затем часть сотрудников группы перешли в другие сформированные сектора, соответствующие новой проблематике исследований. Так в 1989 г. сектор общих проблем истории советского общества и рабочего класса переименован в сектор истории социально-экономического развития (заведующий сектором с 15.04.1988 – по январь 1998 гг. – В.А. Ламин, с 22.12.1998 – по август 2012 гг. – С.С. Букин, с августа 2012 – по февраль 2017 гг. – В.А. Ламин, с февраля 2018 – по декабрь 2019 гг. обязанности заведующего сектором исполняла Н.А. Куперштох, с января 2020 г. – по наст. вр. – В.И. Исаев).

В мае 1989 г. сектор памятников истории и культуры народов Сибири был преобразован в сектор истории феодализма, с июня 1993 г. переименован в сектор истории Сибири конца XVI – первой половины  XIX в. (заведующий сектором с мая 1989 – по март 2008 гг.  – Д.Я. Резун) Сектор истории периода феодализма, археографии и источниковедения переименован в сектор археографии и источниковедения (заведующий сектором с 1989 – по октябрь 2013 гг. – академик РАН (с 1992 г.) Н.Н. Покровский, с 01.01.2014 г. – по наст. вр. – А.Х.Элерт).

С начала 1990-х гг. начался новый этап в развитии исторических исследований в Новосибирском научном центре. По инициативе академика РАН А.П. Деревянко ИИФиФ был разделен на четыре института, оставшихся формально под крышей одного объединенного института: Институт археологии и этнографии (директор – академик РАН А.П. Деревянко), Институт истории (директор – чл.-к. РАН Л.М. Горюшкин), Институт филологии (директор – чл.-к. РАН А.Б. Соктоев), Институт философии и права (директор – чл.-к. РАН В.И. Бойко). Реализации такого организационного решения способствовали сформировавшиеся к тому времени высокопрофессиональные коллективы специалистов, появление лидеров, которые смогли их возглавить, наличие соответствующей материальной базы.

Институт истории Объединенного института истории, филологии и философии СО РАН обрел права юридического лица, научную, организационную и финансовую самостоятельность. Первым директором Института истории в 1991 г. стал чл.-к. РАН Леонид Михайлович Горюшкин – выпускник Томского государственного университета, ученик профессора И.М. Разгона. Под его руководством произошло оформление структуры института и вспомогательных служб, утверждение Устава, выборы в состав Ученого и Диссертационного советов. 

В 1990 г. произошли изменения и в структуре института, был создан сектор общественно-политического развития (заведующий сектором – В.И. Шишкин). Сектор источниковедения и историографии Сибири советского периода в 1989 году был реорганизован, основная часть сотрудников была переведена в сформированный новый сектор общественно-политического развития, часть – в сектор истории крестьянства и сельского хозяйства. В 1993 г. сектор истории крестьянства и сельского хозяйства был переименован в сектор аграрной истории (с 1995 г. – по октябрь 2020 г. заведующим сектором – В.А. Ильиных). Сектор истории капитализма с 1993 г. переименован в сектор истории второй половины XIX – начала XX вв. (заведующий сектором Л.М. Горюшкин, с 19 марта 1998 г. исполняющий обязанности заведующего сектором – Г.А. Ноздрин). В октябре 1999 г. сектор истории второй половины XIX – начала XX вв. расформирован в связи с реструктуризацией и недостатком специалистов. В июле 2001 г. структурное подразделение восстановлено по инициативе директора института чл.-к. РАН В.А. Ламина, пригласившего возглавить сектор М.В. Шиловского. 3 марта 2008 г. сектор истории второй половины XIX – начала XX вв.  и сектор истории конца XVI – первой половины  XIX в. были объединены в сектор истории второй половины XVI – начала XX в. (с марта 2008 г. – по наст. время заведующий сектором – М.В. Шиловский)

В связи с организацией в 1991 г. музея истории Сибирского отделения Российской академии наук в структуре института был создан сектор Музей СО РАН  (директор и заведующий сектором с 1991 – 2000 гг. – В.К. Бахтин, с 2000 по 2012 гг. – Н.М. Щербин, с 2013 г. по наст. вр. – Н.Н. Покровский). В 1991 г. сектор истории культурного строительства переименован в сектор истории советской культуры, в 2001 г. переименован в сектор социально-культурного развития (заведующий сектором с апреля 1995 – по июнь 2009 гг. – С.А. Красильников). В феврале 2010 г. – сектор истории социально-культурного развития реорганизован в научно-исследовательскую группу истории социально-культурного развития. В декабре 2012 г. группа  расформирована в связи с реструктуризацией  (руководитель группы с марта 2010 – по декабрь 2012 гг. – В.Л. Соскин) В 1996 г. в структуре института по инициативе Научного совета по музеям СО РАН был создан Музей науки и техники СО РАН (руководитель с 1996 г. – по наст. вр. – Н.Н. Покровский). В 2018 г. музей был выведен из состава института и включен в структуру Сибирского отделения РАН. 

В соответствии с постановлением Президиума РАН № 83 от 20.03.2001 г. Институт археологии и этнографии был выделен из состава Объединенного Института истории, филологии и философии как юридическое лицо. В 2006 г. в рамках процесса модернизации Российской академии наук, Институт истории Объединенного института истории, филологии и философии СО РАН (ОИИФФ СО РАН) как юридическое лицо прекратил свое существование. Входившие в его состав институты стали полностью самостоятельными. Реорганизация прошла путем присоединения Объединенного института истории, филологии и философии СО РАН к Институту истории, переименованного в Институт истории Сибирского отделения Российской академии наук. 

В 2000 гг. структура института продолжала совершенствоваться, формировались новые подразделения по направлениям фундаментальных научных исследований. В августе 2005 г. в структуре института был создан сектор междисциплинарных исследований (заведующий сектором с августа 2005 – по март 2009 гг. – Е.Г. Водичев), 23 марта 2009 г. сектор расформирован в связи с реорганизацией. В мае 2009 г. в связи с актуализацией новых научных исследований создан сектор историко-демографических исследований (заведующий сектором с мая 2009  – июль 2020 гг.  - В.А. Исупов). 

В 2018 г. в институте в связи со значительным пополнением коллекции был создан Центр рукописей, старопечатных книг и редких изданий ИИ СО РАН (руководитель - д-р филол. наук Л.И. Журова) 

В октябре 2020 г. в целях оптимизации структуры института на базе сектора аграрной истории и сектора историко-демографических исследований был образован сектор аграрной и демографической истории (заведующий - д.и.н. В.А. Ильиных). 

В настоящее время структура института включает следующие подразделения:

• сектор археографии и источниковедения; 
• сектор истории второй половины XVI – начала XX в.;
• сектор истории социально-экономического развития;
• сектор истории общественно-политического развития;
• сектор аграрной и демографической истории;
• сектор «Музей СО РАН».

С 1998 по 2018 год Институт истории возглавлял чл.-к. РАН (с 2000 г.) Владимир Александрович Ламин – ведущий специалист по истории социально-экономического развития Сибири и России. Под его руководством институт интегрировался в российские и международные проекты, стал координировать деятельность гуманитарных институтов Сибири по ряду научных программ, включая издание крупных коллективных работ среди которых научно-справочное издание «Сибирь в лицах» (2001 г.), «Энциклопедия Новосибирска» (2003–2004 гг.), пятитомная «История промышленности Новосибирска» (2004–2005 гг.), «Очерки истории Новосибирска» (2005–2006 гг.), издание «Российская академия наук. Сибирское отделение. Исторический очерк» (2007 г.), научно-популярное издание «Сибирь. Атлас Азиатской России» (2007 г.), трехтомное издание «Исторической энциклопедии Сибири» (2009 г.), «Траектории проектов в высоких широтах» (2011 г.),  и др. 

Развитие в 2000-е гг. археографических исследований и полевых экспедиций сотрудников института на территории Новосибирской, Томской и Кемеровской областей и Алтайского края способствовали пополнению коллекции старопечатных рукописей, на основе которых  опубликованы десятки исторических и литературных источников XVI–XX вв., дающих новое знание о письменных памятниках и их роли в сохранении, трансляции и развитии духовной культуры населения России, истории государства и общества, истории науки. Особое значение имеет издание в 3-х томах под редакцией академика Н.Н. Покровского «Степенной книги царского родословия» (2007; 2008; 2012 годы) – первого нелетописного свода, созданного в канун опричнины. Впервые в мировой историографии издание осуществлено по шести древнейшим спискам. Им же совместно с А.В. Сиреновым опубликовано научное издание «Латухинской Степенной книги царского родословия» (2012 г.), крупнейшего памятника письменности второй половины XVII в., в котором была обоснована общность судеб трех восточнославянских народов (русских, украинцев и белорусов) и населения всей страны в целом. 

На базе сектора Музей СО РАН активно развивалась музейная деятельность, которую курировал В.А. Ламин, возглавлявший Научный совет по музеям СО РАН. Под его руководством институт стал координатором деятельности академических музеев и инициатором разработки научных проектов в области музееведения. С 2008 г. сотрудники института сотрудничают с Комитетом музеологии Сибири, стран Азии и Тихоокеанского региона. В 2014 г. институт стал коллективным членом Российского комитета Международного совета музеев» (ИКОМ России), В.А. Ламин – вице-президентом Комитета музеологии стран Азии и Тихоокеанского региона (ИКОМ). Налаживание и активное развитие международных научных связей осуществлялось на основе организации и проведения значимых международных мероприятий совместно с научными учреждениями Беларуси, Казахстана, Польши, Германии, Монголии, Индии и др. В результате сотрудничества с учеными Института истории Национальной академии наук Беларуси в 2000 г. были изданы совместные научные труды (сборник научных статей «Белорусы в Сибири», Вып. 1–2, 2000 г. и коллективная монография «Очерки истории белорусов в Сибири», 2001–2002 гг.) В 2003 г. авторский коллектив монографии был удостоен премии имени академика В.А. Коптюга. В сотрудничестве с Институтом азиатских исследований им. М.А.К. Азада (Калькутта, Индия), Институтом истории Монгольской академии наук (г. Улан-Батор, Монголия) и Семипалатинским государственным педагогическим институтом (г. Семей, Казахстан) были проведены десять международных семинаров «Демографическое пространство Азии: история, современность, гипотезы будущего» (в Калькутте, Улан-Баторе и Новосибирске). Изданы сборники материалов конференции «Демографическое пространство Азии: история, современность, гипотезы будущего», Вып. 1. 2010 г., Вып. 2., 2012 г., Вып. 3., 2014 г. Совместно с польскими учеными проведена международная научная конференция и изданы ее материалы («Проблемы российско-польской истории и культурный диалог», 2013 г.) 

С февраля по декабрь 2018 г. временно обязанности директора института исполнял В.И. Козодой. В январе – мае 2019 г. обязанности директора временно исполнял В.М. Рынков. С июня 2019 г. по настоящее время директором института является В.М. Рынков. 

2010-е годы Институт перешел на проектное финансирование по программам фундаментальных научных исследований государственных академий наук и интеграционных проектов Президиума СО РАН. В рамках основного бюджетного финансирования проектов по линии РАН были развернуты исследования по широкой проблематике истории Азиатской России начиная с русской колонизации и заканчивая современностью: 

• Роль памятников письменности в сохранении и развитии отечественной духовной культуры в XVI – начале XXI в.: археографические и источниковедческие аспекты;
• Социально-экономические, социокультурные, этносоциальные и социодемографические процессы в Сибири XVII – начала XXI в.: традиции и новации;  
• Аграрный строй Сибири: типология и региональные особенности; 
• Сибирь в контексте становления и развития индустриального общества; 
• Власть и общество в Сибири: политические практики в условиях социальных трансформаций;  
• Региональная культурная политика и научно-образовательный потенциал Сибири;
• Социокультурное наследие Сибири: традиции и новации.

Кроме того реализовывались интеграционные проекты Президиума СО РАН: 

• Государственная политика России в Арктике: стратегия и практика освоения (XVII – начало XXI в.); 
• Цивилизационные и геополитические особенности истории России; 
• Миграционные процессы в Азиатской России в XIX – начале XXI в.; 
• Становление индустриально-урбанистического общества в Урало-Сибирском регионе в ХХ столетии;
• Азиатская часть России: интеграционные факторы роста и новые глобальные вызовы.

Таким образом, научный потенциал Института был нацелен на изучение актуальных проблем исторической науки: выявление и анализ памятников русской книжности и культуры, государственных стратегий в хозяйственном и социокультурной сферах, включая арктическую зону, сословных и социокультурных трансформаций населения, социально-экономических и демографических факторов модернизационных процессов, специфики аграрного и промышленного освоения и политических процессов, характеристик и практик этносоциальных, религиозных, социально-профессиональных и локальных групп населения.

По результатам научных исследований в 2000-е годы наряду с коллективными трудами опубликованы десятки монографий, документальных сборников, продолжающихся серийных изданий и научных статей в рейтинговых изданиях, в том числе в журналах Института «Гуманитарные науки в Сибири» и «Исторический курьер». 

Совместно с Институтом археологии и этнографии СО РАН завершается работа над инициативным научно-исследовательским проектом – изданием 4-х томной «Истории Сибири». Это крупномасштабное исследование позволит отразить интегрирующую функцию восточных регионов страны, их роль в экономических, демографических, политических и социокультурных процессах развития Российского государства.